Je dois faire une liste d'un grand nombre de fichiers (40 000 fichiers) comme ci-dessous: ma commande est: Cependant puis-je résoudre ce problème?
Tout autre moyen de faire une liste comme celle-ci par Perl / Python? thx ls err * _1 _ *. FastQ | SED ' S / \. FastQ // G '| Trier -n> Masterlist
Toutefois, l'erreur est la suivante: Bash: / bin / ls: liste d'arguments trop longue
4 Réponses :
Vous devriez être capable de remplacer (la sortie ls err * _1 _ *. FastQ avec trouver. -Name "Err * _1 _ *. FASTQ" .
De cette façon, vous pouvez éviter que la carte générique se développe dans une énorme liste d'arguments.
trouver inclure un "code/", par exemple. ./ err001268_1_100.fastq . Si
C'est indésirable, vous pouvez vous en débarrasser avec une autre commande SED plus tard dans le
Pipeline.)
Si les fichiers existent déjà tous dans votre répertoire, le module "GLOB" de Python pourrait avoir une limite supérieure à la ligne de commande de Bash.
de la ligne de commande: p>
trimmedfiles.sort(key=lambda f: int(f.split("_")[2]))
Vous voulez probablement un '\ N'.Join (...) autour de l'appel global. Sinon, cette réponse m'a sorti d'une situation similaire, +1
Recherche pourrait vous aider - plutôt que LS utilise trouver. -Name 'YourPatternHere' -Print0 | Xargs -0 YouractionPere
Vous pouvez utiliser exemple: trouver .