J'ai un programme qiime2 https://qiime2.org dans mon annuaire J'ai essayé de faire cela dans R Studio sous le système Y a-t-il un moyen d'activer Anaconda env dans R ou RStudio? / Accueil / Propriétaire / anaconda3 / env. / qiime2-2019.1 . Dans la borne Linux, i Exécutez Source Activate /Home/OWNER/Anaconda3/envs/qiime2-2019.1 Pour lancer ce programme.
Système («Source Activer /Home /Home/Onner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1 ') , mais cela me donne cette erreur: sh Activer: non trouvé
Message d'alerte:
Dans le système ('Activer /Home/Onner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1'):
Erreur lors de la commande d'exécution
4 Réponses :
Oui, il existe de multiples façons que je recommande de rechercher dans le package réticulé, mais de l'aperçu de Studio R1.2 est capable de "trouver" vos environnements de condada.
My préféré est: P>
library(reticulate) library(tidyverse) # Seeing your enviroments conda_list() #Using it conda_list()[[1]][1] %>% use_condaenv(required = TRUE) #Checking python import platform print(platform.python_version())
Merci, mais je reçois cette erreur maintenant: > condada_list () [[1]] [3]%>% + utilisation_condaenv (requis = true) Erreur d'utilisation_python (condada_env_python, requis = Obligatoire): version requise de Python '/home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1/bin/python' ne peut pas être utilisé car une autre version de Python ('/ USR / Bin / Python') est déjà initialisée pour ce processus.
Je n'ai jamais eu ce problème ma suggestion serait d'essayer ce que Shivan dit ou redémarre votre session R, je mentionnerais que j'utilise habituellement Python à l'intérieur d'un document RMARKMODDOWDDOWN
Généralement, je n'utilise pas RStudio, mais à partir de certaines recherches, je peux vous suggérer que vous essayez de définir le chemin Python au lieu d'activer l'environnement par Conda Activer.
Vous pouvez sélectionner quel interprète Python vous allez utiliser et ici. p>
use_python(path_to_python, required = TRUE)
Je pense qu'il ne peut pas réussir à entrer dans l'environnement de condada dans la console R, mais vous pouvez toujours utiliser la commande d'environnement en indiquant le chemin.
Par exemple, mon chemin de QIIME est / Nom d'utilisateur /miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime .
Si vous souhaitez exécuter le code comme qIime info , vous pouvez utiliser la commande suivante:
Si vous voulez utiliser Python dans RStudio, le meilleur moyen de le faire est de créer un environnement de «réticulation» séparé à l'aide d'Anaconda.
Une partie de la raison est que vous pouvez utiliser RMARKSDOWN pour votre sortie nécessite PYQT5 qui enfreint vos environnements Jupyter / Spyder si vous écrasez Pyqt.
Ensuite, vous devez faire un fichier .Renviron comme Cette configuration. qui pointe r vers le bon python env. Sinon, la valeur par défaut de RStudio semble être un environnement miniconda.
Une fois que votre environnement de réticulation séparé est défini et que vous disposez de .Renviron en pointant, tous vos installations de package Python devraient entrer dans cet environnement.
Est-ce que QUIME vient avec R installé?
Dupliqué possible de Comment configurer des condada R pour une utilisation avec RStudio?