Dans l'imagerie médicale, il semble y avoir deux façons de stocker d'énormes images Gigapixel:
Utilisez beaucoup d'images JPEG (emballés dans des fichiers ou individuellement) et utilisez un format d'index bizarre pour décrire ce qui va où se passe. Pick sur des métadonnées dans un autre format.
Utilisez la prise en charge de la tuile et de la multi-image de TIFF pour stocker de manière proprement les images comme un fichier unique et fournissez des versions rénée pour zoomer la vitesse. Abusez ensuite diverses balises TIFF pour stocker des métadonnées de manière non standard. En outre, stockez des carreaux avec des limites qui doivent être traduites individuellement ultérieurement.
Dans les deux cas, le lecteur doit comprendre le format assez bien pour comprendre comment dessiner des choses et lire les métadonnées.
Y a-t-il une meilleure façon de stocker ces images? Est tiff (ou Bigtiff ) toujours le bon format pour cela? XMP résolvez le problème des métadonnées?
Les principaux problèmes sont les suivants:
Quel genre de formats (espérons-le-chose non exclusifs) font-ils que les gens utilisent pour stocker de grandes photographies aériennes ou des cartes? Ces images ont des propriétés similaires.
6 Réponses :
PNG pourrait fonctionner pour vous. Il peut gérer de grandes images, des métadonnées et le format PNG peut avoir une autre Interlacing , afin que vous puissiez Obtenez jusqu'à (jusqu'à?) une image rédigée N / 8 XN / 8 assez facilement.
Je ne sais pas si PNG peut faire un accès aléatoire rapide. Il est chunté, mais cela pourrait ne pas suffire.
Vous pouvez représenter des données clairsemées avec le canal de transparence.
Vous voulez probablement correspond à .
Convient à la compression de perte de perte?
Pas que je me souvienne, mais c'est fondamentalement un format de conteneur annoté, vous pouvez donc stocker ce que vous voulez là-bas
Je suis un pathologiste (et un programmeur hobbyiste) afin que des diapositives virtuelles et une pathologie numérique soient un énorme intérêt pour la mienne. Vous pouvez être intéressé par le Projet OpenSlide . Ils ont caractérisé un certain nombre de formats propriétaires des grands vendeurs (apério, bioinagène, etc.). La plupart semblent consister en un zoom pyramidal (numérisé à différents objectifs microscopiques, bien sûr), de grands fichiers TIFF contenant de multiples tiffs carrelés ou des images compressées (JPEG ou JPEG2000).
Bravo, alors :). Je vais essayer de laisser votre projet savoir si je l'utilise jamais pour quelque chose d'utile. Je travaille principalement avec les fichiers Aperio .SVS directement via Libtiff et VIPS. Je les brise dans Google Map-Compatbile ZXY.PNG / JPG et stockez sur un système de fichiers, comme: informatique.med.nyu.edu/virtualmicroscope/viewer/124 (je ne suis pas associé à eux si).
Oui, cette chose de Nyu avait l'air cool. VIPS est génial, bien que cela ne puisse pas aider la plupart des formats bizarres là-bas.
On dirait que cela semble commencer par TIFF ou Bigtiff et définir un sous-ensemble utile de Tags + XMP MetaData pourrait être la voie à suivre. Convient à rien, car il est essentiellement des données sans perte et ne dispose pas d'un mécanisme de métadonnées très approprié.
Le problème avec TIFF est qu'il ne permet que trop de flexibilité, mais un sous-ensemble de TIFF devrait être acceptable.
La solution peut très bien être http://ome-xml.org/ et On dirait que Dicom a maintenant un soutien:
ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup145_ft. pdf
JPEG2000 peut valoir un coup d'œil, des efforts intéressants des bibliothèques nationales dans cet espace.
La norme de l'industrie est DICOM SUP 145 ; Obtenir des vendeurs à l'adopter si bien a été paresseux, mais inventer encore un autre format ne serait probablement pas utile.