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Mise à jour de la base R - Ubuntu de 3.4.4 à 3.5.2 - Azure

J'utilise Ubuntu 16.04 sur Azure Linux Virtual Machine

root@VMforR:/usr/local/bin# apt-get install r-base
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:

The following packages have unmet dependencies:
 r-base : Depends: r-recommended (= 3.5.2-1xenial) but it is not going to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

La version actuelle de R pour Rstudio / Rserver est 3.4.4 et je souhaite la mettre à jour vers la dernière version (c.-à-d. version 3.5.2)

sudo su 
echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/" >> /etc/apt/sources.list 
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9 
apt-get update 
apt-get install r-base 
apt-get install r-base-dev

Pour certaines raisons, la méthode la plus courante ne fonctionne pas:

apt-get update
apt-get upgrade

Donc je fait quelques recherches et trouve ce message sur biostars.org

One des messages indiquent que les codes suivants pourraient fonctionner

R --version
R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Cependant, après apt-get install r-base , je reçois le message d'erreur suivant:

lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 16.04.5 LTS
Release:        16.04
Codename:       xenial

Je ne comprends pas ce que signifie «paquets cassés détenus», et plus important encore, comment mettre à jour la base R?


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4 Réponses :


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J'ai essayé d'autres méthodes, ce qui suit semble fonctionner:

sudo apt-get install r-base-core=3.5.2-1xenial

Réf: 1. Installer une version particulière (2.15.2) de r -base sur ubuntu 2. https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu / xenial-cran35 /

Mais je ne suis pas sûr que cela fonctionne aussi pour d'autres ou non, car je ne peux pas le reproduire.


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Ce qui a fonctionné pour moi a été d'ajouter le PPA de Michael Rutter:

sudo apt install r-api-3.5

Update R:

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

Je suis avec le 16.04 LTS ubuntu.


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Après

apt-get dist-upgrade

, faites

apt-get update 

d'abord pour "faire avancer votre installation". Cela inclut la mise à niveau des packages déjà installés. Il devrait simplement mettre à jour votre installation R (à moins que vous n'ayez également besoin de changer de référentiel).

La liste r-sig-debian est bon et patient avec «comment faire de X pour R sur Debian / Ubuntu». Pensez à vous abonner pour vous cacher et / ou poser des questions.


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Le mien a dit que certains de mes paquets manquaient. J'ai donc exécuté sudo dpkg --configure -a , puis réexécuté le R --update et cela a fonctionné pour corriger l'erreur de package manquante.


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Aviez-vous un colis cassé? Cela ne semble pas répondre à la question de l'OP de savoir ce qui contenait les paquets cassés et comment mettre à jour avec ces paquets cassés.