8
votes

Ordre des rangées dans la chaleur?

Prendre le code suivant:

 heatmap(data.matrix(signals),col=colors,breaks=breaks,scale="none",Colv=NA,labRow=NA)

r cluster-analysis heatmap

1 commentaires

Question connexe: Quelle chaleur / image à Obtenez une parcelle triée de ligne sans aucun dendrogramme?

5 Réponses :

5
votes

Il existe une variété d'options. Si vous exécutez ? HeatMap Vous verrez les différents paramètres que vous pouvez modifier. Peut-être que le plus facile est de définir rowv = na qui devrait supprimer la réorganisation de la ligne, puis passer dans la matrice avec les lignes déjà dans l'ordre souhaité. Mais vous pouvez également fournir manuellement une fonction de clustering ou des dendrogrammes via rowv et hclustfun etc ...



                                                                    
                                    
                                    
                                        0 commentaires


                        
                                            
                            
                                
                                    2
 votes
                                
                            
                            
                                
                                     Je suis d'accord avec Jesse. Pour votre problème, jetez un coup d'œil au  rowv ,  distfun  et  hClustfun  Arguments de la fonction Heatmap.
Pour plus de choix, les fonctions  HeatMap.2  dans le package  Gllots ,  heatmap_plus  dans le  HeatPlus  package et  PheatMap  dans le fichier  PheatMap  pourrait être d'une certaine utilisation.                                 


                                                                    
                                    
                                    
                                        0 commentaires
                                        
                                                                                    
                                    
                                                            

                        

                        
                                            
                            
                                
                                    14
 votes
                                
                            
                            
                                
                                     Merci pour les commentaires, Jesse et Paolo. J'ai écrit la fonction de commande suivante qui sera utile aux autres:  xxx                                  

                                                                    
                                    
                                    
                                        0 commentaires
                                        
                                                                                    
                                    
                                                            
                        
                        
                                            
                            
                                
                                    1
 votes
                                
                            
                            
                                
                                     PheatMap vous permettra de spécifier la méthode qu'il utilise pour faire le clustering, acceptant les mêmes arguments que hclust.                                 

                                                                    
                                    
                                    
                                        0 commentaires
                                        
                                                                                    
                                    
                                                            
                        
                        
                                            
                            
                                
                                    3
 votes
                                
                            
                            
                                
                                     Je crois que ce message pourrait être utile: 
  Comment R WeatMap Commander des lignes par défaut?   p> 
 Prenez la matrice suivante par exemple:  p>  xxx  pré> 
 Vous pouvez remplacer l'ordre des rangées et des colonnes Avec les paramètres  rowv  code> et  colv  code>. Vous pouvez remplacer la commande avec ceux-ci comme dendrogrammes. Par exemple, vous pouvez calculer une commande à l'aide de la fonction  hclust  code>, puis transmettez-le sur  HeatMap  code> en tant que dendrogramme:  p>  xxx  pré> 
 Donne:  p> 
  HClust Heatmap   P> 
 La fonction HeatMap par défaut utilise une étape supplémentaire, cependant, via le paramètre  Réorderfun = Fonction (D, W) (D, W) (D, W)  CODE>, qui réorient le dendrogramme autant que possible des bases possibles sur la ligne / la colonne moyenne. Vous pouvez reproduire l'ordre par défaut avec cette étape supplémentaire. Donc, pour obtenir le même ordre que  HeatMap  code>, vous pouvez faire:  p>  xxx  pré> 
 qui donne la même sortie que simplement  heatmap (m) :  P> 
  HEATMAP par défaut   P>  Dans cet exemple, les colonnes ne sont pas réorganisées, mais les lignes font. Enfin, pour extraire simplement l'ordre, vous pouvez affecter la chaleur à une variable et obtenir la sortie.  P> 
> p <- heatmap(m)
> p$rowInd
[1] 3 1 6 2 4 5 7
> p$colInd
[1] 6 4 5 1 2 3 7

                                

                                                                    
                                    
                                    
                                        0 commentaires