Nous faisons des recherches dans la biologie des systèmes. Nous préférons utiliser des ensembles de données existants, car la collecte de nouvelles données biologiques est chère. Ainsi, beaucoup de scripts que nous écrivons ne sont guère plus que des transformations d'un ensemble de données dans une autre.
Finalement, nous mettons nos résultats en ligne - et de plus en plus de revues nécessitant ce genre de chose.
Ce n'était donc pas un grand saut pour moi d'essayer d'utiliser des rails pour mes projets. Je peux configurer des expériences facilement reproductibles, transformer l'étape de données par étape via des tables de base de données (par exemple à l'aide de râteau) et afficher les résultats à l'aide de gemmes comme Flotomatic et le gnuplot. Si j'ai besoin de quelque chose à courir très rapidement, je peux même écrire un gemme personnalisé en C ++ en utilisant riz ou parallèle en utilisant Starling et Workling .
Finalement, j'ai commencé à me demander si quelqu'un d'autre utilisait des rails pour faire de la bioinformatique ou de la science en général.
Je pensais: "Si j'étais une joindre des rails de recherche scientifique, que ferais-je?"
Quelles fonctionnalités supplémentaires une telle gemme? Peut-être une adaptation migratoire en un pipeline pouvant-t-elle? Peut-être des fonctionnalités graphiques plus avancées? Emplois de fond intégré?
3 Réponses :
Pour la bioinformatique, voir http://bioruby.org
Je suis au courant de Bioruby, mais cette question est vraiment sur les rails.
Je suis d'accord avec Pierre. Je pense que Bioruby est le bon endroit. Beaucoup (la plupart?) Les utilisateurs / développeurs de Bioruby utilisent des rails, faisant des rails une extension naturelle du projet Bioruby.
Voici une liste incomplète de code Bioruby pour rails:
Run Bioruby console dans une application ferroviaire - http: //bioruby.open- bio.org/wiki/biorubyonRails
Classes ActiveRecord (Rails par défaut) pour Ensembl - Bioruby-annex.Rubyforge.org /
plugin pour uniprot db - bioruby.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuTeru/20070410/UNIPROT_ON_ACELACE_RECORD_PLUGINO_RECORD_PLUGINOLED_REC>
Effort d'intégration Chado / Bioruby - Github.com/robsyme/Rubychado
Désolé pour les liens en désordre, mais comme un nouvel utilisateur, je ne peux pas publier plus d'un seul lien: (
J'ai utilisé Michael Barton's organisé_experiments avant. Cela fonctionne assez bien une fois que vous remplacez Datamapper avec ActionCord.
Ha! Assez juste. Au moment où Datamappper semblait être la nouvelle hotness, donc c'était une excuse de lui donner un tourbillon. Je rétrospective AR allait toujours être plus supporté et stable.
Devrait-il être un wiki communautaire?
@Jasper: Je n'ai pas la réputation de modifier un wiki communautaire, mais j'aimerais participer.
Il ne s'agissait pas autant de questions que c'était une question à quiconque passait avec suffisamment de représentant pour faire votre post un wiki communautaire (et si je ne me trompe pas, vous pouvez éditer un wiki communautaire si vous étiez l'original affiche). L'idée est que vous n'obtenez pas la réputation pour cela, et il est généralement appliqué à la question qui ne dispose pas d'une seule réponse (ou qui aura une réponse différente pour chaque utilisateur comme dans votre cas ou dans votre question qui sont clairement subjectives)