Questions et réponses pour le bioinformatics :

Pour les questions liées à la programmation liées à la bioinformatique. D'autres questions n'appartiennent pas ici, mais pourraient être sur le sujet à https://bioinformatics.stackexchange.com/.

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Comment puis-je compter la fréquence des lettres

J'ai une donnée comme celle-ci >sp|Q96A73|P33MX_HUMAN Putative monooxygenase p33MONOX OS=Homo sapiens OX=9606 GN=KIAA1191 PE=1 SV=1 RNDDDDTSVCLGTRQCSWFAGCTNRTWNSSAVPLIGLPNTQDYKWVDRN ...

awk sed bioinformatics fasta

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Convertir la liste de séquences en fasta pour plusieurs fichiers

J'ai des milliers de fichiers, qui sont une liste de noms de séquences suivis de leur séquence, un individu par ligne, quelque chose comme ceci: >L.abdalai.LJAMM.14363.SanMar ...

awk bioinformatics fasta

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Problème de boucle dans les colonnes en Perl

J'ai des problèmes avec un script que j'ai écrit. Je l'ai décomposé pour identifier le problème et le voici. Fichier d'entrée (délimité ...

perl bioinformatics

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Awk ou d'autres outils bioinformatiques pour filtrer VCF

J'essaie de filtrer certaines lignes dans un fichier VCF, voici un exemple de lignes: xxx dise que je veux extraire des lignes avec amr_af plus gran ...

awk bioinformatics vcf-variant-call-format

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