MSYS2 est une réécriture moderne de MSYS, qui sont toutes deux des fourches de cygwin (couche de compatibilité POSIX) dans le but d'une meilleure interopérabilité avec le logiciel Windows natif. Il vise à fournir un soutien pour faciliter l'utilisation de la coque Bash, des autotools, des systèmes de contrôle de la révision et similaires pour créer des applications de Windows natif à l'aide des cuillères à outils MINGW-W64. Il est livré avec un port de Pacman Package Manager. Trois repos sont fournis avec plus de 1000 packages.