Je travaille sur un outil pour visualiser la structure secondaire d'ARN, à cette fin, j'ai mis en œuvre l'algorithme de Nussinov qui génère la structure secondaire d'ARN comme liste avec les indices correspondants, le code peut être trouvé ici [0]
Mais je suis vraiment coincé avec comprendre comment je devrais la visualiser (comme graphique plane), le code ci-dessus me donne une liste séquentielle de la structure secondaire, alors quelqu'un peut-il me suggérer de savoir comment je peux visualiser la structure. Un exemple de ce outil peut être trouvé ici [1]
[1] http://rna.tbi.univie.ac .at / cgi-bin / rnafold.cgi
Et je sais qu'il y a de meilleurs algorithmes, mais pour l'instant, je voudrais simplement visualiser avec cela et une fois que j'ai bien compris la visualisation, je vais aller pour un meilleur algorithme.
3 Réponses :
Vous pouvez le faire avec JMol. JMol vous permet d'ajouter des liaisons / atomes arbitraires à un espace de coordonnées utilisant son Java ou je crois que son API JavaScript également.
En général, bien sûr, les formats de fichier PDB seraient utilisés pour de telles données.
visualisation de la structure secondaire de l'ARN (ou de tout graphique, à ce sujet) algorithmique est un problème difficile. Vous devez veiller à ce qu'il y ait aussi peu de chevauchements que possible tout en maintenant des longueurs de liaison cohérentes. Comme les autres réponses ont souligné, il existe un certain nombre d'implémentations existantes que vous pouvez déjà utiliser. Je vais juste lancer dans un autre qui est assez facile à utiliser et ne nécessite aucun téléchargement:
forna - nibiru.tbi.univie.ac.at/forna
Ici, il vous suffit de saisir une chaîne de dotbracket: Ce sera Donnez-vous une visualisation qui ressemble à ceci comme ceci: Ceci est calculé à l'aide d'une combinaison du programme Viennarna Rnaplot et algorithme de graphique dirigé par D3. 
Désolé, mais je n'ai pas de fond en bioinformatique et n'entendez pas votre algorithme. Alors, veuillez indiquer quelles données vous devez vraiment visualiser, est-ce une liste de points, une liste des étiquettes abstraites, ou de quoi s'agit-il?
Vous pouvez également poser votre question sur biostar: biostar.stackexchange.com
Vous cherchez toujours une réponse à cette question? Toutes les réponses publiées ont l'air bien, alors il y a quelque chose de plus que vous cherchiez? Je travaille sur le projet RNASTRUCTURE de l'Université de Rochester et je peux vous diriger vers le code que nous utilisons pour la structure secondaire secondaire ARN 2D. Le code est gpl.